Avaliar o comportamento de poluentes no ambiente, através do monitoramento da sua ação em organismos vivos é um tópico novo nas ciências ambientais, que tem sido chamado de biomonitoramento ou bioindicação. O fundamento disso é que um estímulo ambiental, assim como um estímulo proveniente de um poluente, provocam reações no organismo vivo e podem acarretar várias alterações em seu funcionamento. Nos métodos da bioindicação, o comportamento do organismo frente a um agente estressor é utilizado na avaliação da qualidade de um ambiente. O monitoramento através de métodos físico-químicos aborda o tipo e a intensidade de fatores, inferindo eventualmente sobre os efeitos biológicos. Enquanto que na bioindicação são obtidas informações sobre os efeitos de estressores no sistema biológico, podendo-se eventualmente inferir sobre a qualidade e quantidade do fator estressor.

O desenvolvimento na área do monitoramento biológico, especialmente na Europa, provocou o surgimento de inúmeras designações para métodos e enfoques que se desenvolveram em conexão com diferentes linhas de pesquisas e aplicações práticas. Os dois tipos básicos de indicadores são chamados de "indicadores sensíveis" e "indicadores acumuladores". Ambos indicadores podem ser encontrados entre os organismos testes, organismos monitores e indicadores ecológicos. Organismos testes são empregados em metodologias de laboratório altamente padronizadas, cujos resultados são também altamente reprodutíveis. Neste grupo são incluídos, entre outras metodologias, os testes com algas, daphnia, peixes, etc. Estas metodologias têm sido amplamente utilizadas no monitoramento da qualidade da água. Esforços recentes no desenvolvimento de metodologias de testes biológicos no controle da qualidade do ar, especificamente no monitoramento de emissões, têm trazido bons resultados. Organismos monitores são geralmente empregados em metodologias que monitoram condições ambientais e que fornecem informações necessárias ao controle aplicado da poluição, especialmente da poluição do ar. No caso de "monitores biológicos ativos", eles são "introduzidos" padronizadamente no ambiente. A gramínea, por exemplo, é utilizada para avaliar o acúmulo de poluentes como metais pesados; o tabaco é empregado na avaliação do efeito do ozônio; líquens são usados na determinação de efeitos fitotóxicos e acúmulo de poluentes. Procedimentos que estudam diretamente ou coletam amostras de organismos presentes no ecossistema e as transportam para análise no laboratório são chamadas de "monitores biológicos passivos".

A combinação de várias metodologias do monitoramento biológico e a sua aplicação sistemática no controle da poluição, constitue uma rede de monitoramento de efeitos, a qual pode fornecer informações essenciais a órgãos governamentais e instituições interessadas, colaborando na implemantação de estratégias de controle da poluição, a exemplo do que ocorre na Europa, especialmente na Alemanha no controle da poluição do ar.

A reação sensível de um organismo frente a qualidade do seu ambiente, usada como indicação (monitoramento), pode ser a nível bioquímico, fisiológico, morfológico, comportamental, etc. Todas essas reações dependem não somente do fator a ser indicado (monitorado), mas também do nível nutricional, disponibilidade de água, outros fatores ambientais como luminosidade, temperatura, idade do organismo, sexo, fase de desenvolvimento, características genéticas, concorrência entre indivíduos ou espécies, etc. O mesmo deve ser considerado ao se estudar o acúmulo de uma certa substância. A padronização dos monitores é por isso um fator de fundamental importância em programas de monitoramento.

Os principais projetos na área de biomonitoramento em desenvolvimento no LAVIET estão ligados a avaliação da poluição atmosférica em áreas urbanas e industriais.